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「明清交替期における長崎の預銀問題について」（研究代表者紙屋敦之『江戸時代長崎来航中国船の情報分析　2003・2004年度科学研究費補助金　基盤研究(C)(2)　課題番号15520413』2005年5月）
「琉球使節通行時に対する「御仕構」態勢について―伊予国津和地島を事例として―」『早稲田大学大学院文学研究科紀要』第51輯第4分冊（2006年2月）（DSpace at Waseda University）
「分銅からみる近世社会」（研究代表者馬場章『後藤家計量関係資料の構造分析と文物相関の研究成果報告書　 2004年度～2005年度特定領域研究A我が国の科学技術黎明期資料の体系化に関する調査・研究A02器物、文献資料の横断的基盤整備　課題番号16018204』2006年3月）（UT Repository）
「琉球使節通航に関する情報収集について―伊予国津和地島を事例として―」（前掲『近世日本における外国使節と社会変容『儀衛正日記』を読む』2006年、所収）
「朝鮮通信使・琉球使節通航と情報・接待・応対―伊予国津和地島を事例として―」『風俗史学』36号、2007年。
「近世外国使節通航と瀬戸内海」（前掲『近世日本における外国使節と社会変容2―『信使記録』を読む―』所収）、2007年。
「現代コンテンツにみる沖縄イメージ」『民衆史研究会会報』63号、2007年6月。
「近世外国使節と津和地島－安定的海域世界への視座－」（『第2回瀬戸内海文化研究・活動支援助成報告書』福武学術文化振興財団、2008年）
「長崎警固役と正徳新例―その役割と機能、そして変遷―」（鈴木文・孫暁艶編『正徳新例にみる経済・文化ネットワークの成立と展開』紙屋敦之研究室発行、2008年、所収）
「近世琉球使節通航と海域をめぐる情報―伊予国津和地島を事例として―」『日本歴史』727号、2008年
「鞆の浦における移動・地域・イメージ」『民衆史研究』76号、2008年
「琉球使節派遣準備と解体過程―「最後」の琉球使節を通じて―」『交通史研究』67号、2008年
「「聖地」へと至る尾道というフィールド-歌枕から『かみちゅ！』へ-」『コンテンツ文化史研究』創刊号、2009年（UT Repository）
玉井建也・馬場章「近世・近代における災害観と浅間山イメージ」（『東京大学大学院情報学環紀要　情報学研究』No.77、2009、pp1-15、pdf）
「朝鮮通信使への接待と情報収集-伊予国津和地島を中心として-」（『地方史研究』341号、2009年、pp33-51）
安藤奈々・玉井建也「明治後期における琉球・沖縄認識―「琉球九州三人スケッチ」を中心として―」（『コンテンツ文化史研究』2号、2009年、pp34-48）
「浅間焼け火山絵図におけるデジタルアーカイブの利用-統合から個別へ-」（『わが国における火山罹災地の複合的資料による歴史的文化・自然景観の復元研究-北関東を中心に-』pp.7-11,2010）
玉井建也・馬場章「近世・近代における災害観と浅間山イメージ」（『わが国における火山罹災地の複合的資料による歴史的文化・自然景観の復元研究-北関東を中心に-』pp.59-72,2010）
「物語・地域・観光―「稲生物怪録」から『朝霧の巫女』、そして「聖地巡礼」へ ―」（『コンテンツ文化史研究』3号、2010年、pp34-47）
「アニメ聖地巡礼からみる地域イメージの歴史的展開-尾道を事例として-」（平成22年瀬戸内海研究会議瀬戸内海の環境保全・創造研究ワークショップ「多様なツーリズムをひきおこす瀬戸内海の風土力」予稿集、pp9-12、2010)
「明治期における本土から見た琉球認識-「豊臣秀頼琉球征伐」をめぐって」（コンテンツ文化史学会 2010年大会「拡大するコンテンツ」予稿集、pp5-12、2010）
「地域イメージの歴史的変遷とアニメ聖地巡礼-鎌倉を中心として-」（『コンテンツツーリズム研究会第1回総会研究発表予稿集』pp26-37,2010）
「瀬戸内海イメージの歴史性と変容-コンテンツ作品を中心として-」（『日本デジタルゲーム学会 2010年次大会予稿集』pp71-76,2010）
「地域イメージの歴史的変遷とアニメ聖地巡礼―鎌倉を事例として」（『コンテンツツーリズム研究』vol.3, pp1-13, 2011 （PDF））
「近世における海上馳走と瀬戸内海―伊予国津和地島を事例として―」（『東京大学大学院情報学環紀要情報学研究』81号、2011年 10月、pp23-38）（PDF））
「瀬戸内海イメージの歴史性と変容-コンテンツ作品を中心として-」（『デジタルゲーム学研究』5巻2号、2011、pp67-72）
「地域史からみる風俗・文化・「サブカルチャー」-「聖地巡礼」を事例として-」（『風俗史学』44号、2012年1月、pp.41-62）
「地域イメージの歴史的変遷とアニメ聖地巡礼鎌倉を中心として」（『CATS叢書第7号：観光資源としてのコンテンツを考える : 情報社会における旅行行動の諸相から』pp121-138、2012年3月（HUSCAP））
玉井建也・吉田正高「戦後日本における自主制作アニメ黎明期の歴史的把握-1960年代末-1970年代における自主制作アニメを中心に-」（『公益財団法人徳間アニメーション文化財団年報　2011-2012』pp.49-63、2012年7月）
「長崎警固役の歴史的意義-正徳新例を転換点に-」（『風俗史学』48号、2012年、pp.3-22）
「構築される「歴史」とフィクション　『ファイブスター物語』を中心に」（『ユリイカ　２０１２年１２月臨時増刊号　総特集†永野護　『ファイブスター物語』の普遍、『花の詩女ゴティックメード』の衝撃』2012年、pp.108-112）
玉井建也・吉田正高「漫画映画からアニメーションへ-自主制作という選択肢-」（『東北芸術工科大学紀要』20号、2013、pp92-100）
「坪井正五郎の人種概念と琉球・沖縄」（『風俗史学』52号、2013、pp30-41）
玉井建也・吉田正高「一九七〇年代初頭における自主制作アニメの取り組みと文化的状況-『つるのすごもり』をめぐって-」（『コンテンツ文化史研究』8号、2013年7月、pp19-33）
「コンテンツツーリズムの歴史的展開」（『デジタルゲーム学研究』6巻2号、2013年7月、pp29-38）
「近世日本における漂着民送還と瀬戸内海」（『共立女子大学文芸学部紀要』60号、2014年1月、pp.1-15）
「「文部省往復」から見る明治初期の「大学」成立過程」（『東京大学史紀要』32号、2014年3月、pp.1-13）
「コンテンツの忘却と想起：物語と土地の歴史的関係」（『コンテンツツーリズム論叢』5号、2014年8月、pp.12-19）
「物語文化とコンテンツツーリズム――舞台になれば良いわけではない」（『α synodos』vol.160 2014.11.15）
「翻案作品に見る少女-小原愼司作品を通じて-」（『まぐま』PB7、34-43p、2015）

■学会発表

「近世中後期における移動者と関所―栗橋を中心として―」関東近世史研究会月例会、平成16年（2004年）4月
「近世における関所と周辺地域の関係性―栗橋関所を事例として―」関東近世史研究会・埼玉県地方史研究会合同例会、平成17年3月
「近世外国使節通航時における「御仕構」態勢について―伊予国津和地島を事例として―」交通史研究会第32回大会自由論題報告、平成18年 5月13日
「伊予国津和地島における「御仕構」の成立過程―外国使節通航に対して―」東京大学近世史研究会例会報告、2006年 6月28日
「琉球使節通航に関する「情報」の変容―伊予国津和地島を事例として―」第45回近世史サマーセミナー分科会報告、2006年 7月16日
「近世瀬戸内海交通における津和地島―外国使節通航を中心として―」日本風俗史学会社会史分科会報告、2006年 9月22日
「近世瀬戸内海交通における津和地島―外国使節通航を中心として―」第47回日本風俗史学会大会報告、2006年 10月8日
Akira Baba,Norio Togiya,Shino Fukuju,Tatsuya Tamai,Haruka Kinoshita"Digital Archive System for Historical Picture Materials on Volcano Disasters" Cities on Volcanoes 5 conference,November 20, 2007
「嘉永・安政期の琉球使節について」第34回交通史研究会大会、2008年 5月11日
「近世外国使節と津和地島－安定的海域世界への視座－」第2回　瀬戸内海文化助成発表大会、2008年 5月17日
「近世外国使節と津和地島－安定的海域世界への視座－」第2回　瀬戸内海文化助成発表大会ポスター発表、2008年 5月17日
玉井建也・福重旨乃・馬場章「天明三年浅間焼け絵図からみる災害観と空間把握―イメージと構図から―」人文地理学会 2008年大会、2008年 11月9日（要旨）
玉井建也、馬場章「近世・近代における浅間山イメージの変遷」（国際シンポジウム「火山噴火罹災地の文化・自然環境復元―ソンマ・ヴェスヴィアーナ、指宿、ピナツボ、浅間　戦略的学融合研究 2008―」2009年 2月11日）
「「聖地」成立に関する一考察―「物語」と「場所」の連関性―」（コンテンツ文化史学会第1回例会「コンテンツと場所」2009年 6月28日）
FUKUJU Shino, TAMAI Tatsuya, and BABA Akira “Reconstructing the Mental Images on Mt. Asama Eruption in 1783″ 14th International Conference of Historical Geographers, August 23-27, 2009
「地域史からみる風俗・文化・サブカルチャー―瀬戸内海地域を中心として―」（日本風俗史学会第50回大会「歴史学としての風俗史学」、2009年 11月22日立正大学）
玉井建也・福重旨乃・馬場章「浅間焼け絵図におけるデジタルアーカイブの利用」（国際シンポジウム「火山噴火罹災地の文化・自然環境復元-　ソンマ・ヴェスヴィアーナ、指宿、ピナツボ、浅間　戦略的学融合研究 2009　-」2010年 2月11日）
東京国際アニメフェア2010シンポジウム「変容するコンテンツ文化とクリエイター -進化するアニメ、ゲーム、ノベルの可能性-」登壇（